Objawy kliniczne GIST są niespecyficzne: bóle brzucha, objawy podniedrożności lub przewlekłego krwawienia z przewodu pokarmowego, wyczuwalny guz jamy brzusznej, czasami objawy "ostrego brzucha". Szczególnie niewielkie zmiany długo pozostają bezobjawowe i mogą być wykrywane przypadkowo. Część kobiet chorych na GIST jelita cienkiego jest operowana na oddziałach ginekologicznych ze wstępnym rozpoznaniem nowotworu narządu rodnego (lokalizacja w miednicy).

Średnia czasu trwania choroby (mierzona od daty pierwszej operacji wykonanej z intencją wyleczenia do daty ostatniej obserwacji) w grupie z rozsiewem mięsaka wynosi 41 miesięcy i różni się istotnie od średniej czasu trwania choroby w grupie bez nawrotu wynoszącej 17 miesięcy, co pośrednio wskazuje na możliwość oszacowania mediany czasu wystąpienia rozsiewu. Uzyskane wyniki i dane innych autorów sugerują, że okres bezobjawowy do wystąpienia rozsiewu może być długi z medianą ponad 2 lata.

Nawroty GIST dotyczą przede wszystkim jamy brzusznej. Przeważnie (54%) występują przerzuty do wątroby izolowane (22%) lub współistniejące z rozsiewem śródotrzewnowym (32%). Rozsiew śródotrzewnowy bez przerzutów do wątroby dotyczy około 31% chorych. W materiale CO-I nie obserwowano przerzutów do płuc. Tylko u nielicznych (15%) obserwowano nieoperacyjną wznowę miejscową, co korzystnie świadczy o chirurgicznych możliwościach miejscowo radykalnego wycięcia nowotworu.