GIST niezwykle rzadko występuje w wieku dziecięcym, średnia wieku zachorowań wynosi powyżej 50 r. ż. Jednak w medycznym piśmiennictwie światowym i Polskim Rejestrze Klinicznym GIST znajdują się osoby, które zachorowały w wieku dziecięcym/młodzieńczym (5-8 osób w Polsce). Z reguły guzy pierwotne są wówczas umiejscowione w żołądku, przebieg choroby jest często długoletni.